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Veröffentlichter Artikel oder Aufsatz

Publikationsart: Veröffentlichter Artikel oder Aufsatz
Autor(en): Robert Rentzsch; Christine A. Orengo
Titel: Protein function prediction using domain families
Erschienen in: BMC Bioinformatics 14 (Supplement 3) , 2013
S. 1-14
Verlag: BioMedCentral
Verlags-URL: http://www.biomedcentral.com/1471-2105/14/S3/S5
DOI: 10.1186/1471-2105-14-S3-S5
Veröffentlichung auf edoc: 01.03.2013
Status: published
Volltext: pdf (urn:nbn:de:0257-10029420)
Schlagwörter (eng): Protein, Sequence Analysis, Databases Protein, Cluster Analysis, Molecular Sequence Annotation, Protein Structure Tertiary, Proteins/classification, Proteins/genetics, Proteins/physiology, Vocabulary Controlled
Vorhaben/Arbeitsgruppe: Humboldt-Universität zu Berlin
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Abstract (eng):
Here we assessed the use of domain families for predicting the functions of whole proteins. These 'functional families' (FunFams) were derived using a protocol that combines sequence clustering with supervised cluster evaluation, relying on available high-quality Gene Ontology (GO) annotation data in the latter step. In essence, the protocol groups domain sequences belonging to the same superfamily into families based on the GO annotations of their parent proteins. An initial test based on enzyme sequences confirmed that the FunFams resemble enzyme (domain) families much better than do families produced by sequence clustering alone. For the CAFA 2011 experiment, we further associated the FunFams with GO terms probabilistically. All target proteins were first submitted to domain superfamily assignment, followed by FunFam assignment and, eventually, function assignment. The latter included an integration step for multi-domain target proteins. The CAFA results put our domain-based approach among the top ten of 31 competing groups and 56 prediction methods, confirming that it outperforms simple pairwise whole-protein sequence comparisons.
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Generiert am 27.03.2017, 04:49:55