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Veröffentlichter Artikel oder Aufsatz

Publikationsart: Veröffentlichter Artikel oder Aufsatz
Autor(en): Volker Rickerts; Prasanna D. Khot; Daisy L. Ko; David N. Fredricks
Titel: Enhanced fungal DNA-extraction from formalin-fixed, paraffin-embedded tissue specimens by application of thermal energy
Erschienen in: Medical Mycology 50 (6) , 2012
S. 667-672
Verlag: Informa Healthcare
Verlags-URL: http://informahealthcare.com/doi/abs/10.3109/13693786.2012.665613
DOI: 10.3109/13693786.2012.665613
Veröffentlichung auf edoc: 25.03.2013
Status: published
Volltext: pdf (urn:nbn:de:0257-10029694)
Schlagwörter (eng): Humans, Sensitivity and Specificity, Polymerase Chain Reaction/methods, Hot Temperature, Aspergillosis/microbiology, Aspergillus/genetics, Aspergillus/isolation & purification, Candida/genetics, Candida/isolation & purification, DNA Fungal/isolation & purification, Formaldehyde/chemistry, Genome Human, Lung/microbiology, Nucleic Acid Amplification, Techniques/methods, Paraffin Embedding, Pathology Molecular/methods, Tissue Fixation/methods
Vorhaben/Arbeitsgruppe: Robert Koch-Institut, Infektionskrankheiten / Erreger
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Abstract (eng):
Determining the etiology of invasive fungal infections (IFI) is critical for patient management as fungi vary in their susceptibility to antifungals. However, the etiology remains obscure in many cases due to negative culture results. The identification of fungal DNA by PCR in pathology blocks and sequencing it is an alternative approach to determine the cause of IFI. Previous studies identified fungal DNA in only 50% of samples with positive histopathology results, probably due to DNA damage by tissue fixation. We used realtime PCR to quantify human and fungal DNA from formalin-fixed, paraffin-embedded tissue specimens in order to study the effect of thermal energy during extraction on the yield of amplifiable DNA and subsequent identification of fungal DNA. Tissue sections from eight patients with proven IFI were subjected to DNA extraction with varying exposure to thermal energy. Amplifiable DNA increased up to 76-fold by increasing the incubation temperature from 65°C to 90°C and an additional increase was documented by incubating samples for up to 6 hours at this temperature. The augmented amplification of fungal DNA was associated with improved species identification by the sequencing of the PCR amplicons. This may help illuminate the etiology of IFI and thereby improve patient management by guiding antifungal therapy.
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Generiert am 23.06.2017, 18:31:38