edoc-Server des Robert Koch-Instituts

Veröffentlichter Artikel oder Aufsatz

Publikationsart: Veröffentlichter Artikel oder Aufsatz
Autor(en): Andreas Roetzer; Roland Diel; Thomas A. Kohl; Christian Rückert; Ulrich Nübel; Jochen Blom; Thierry Wirth; Sebastian Jaenicke; Sieglinde Schuback; Sabine Rüsch-Gerdes; Philip Supply; Jörn Kalinowski; Stefan Niemann
Titel: Whole Genome Sequencing versus Traditional Genotyping for Investigation of a Mycobacterium tuberculosis Outbreak: A Longitudinal Molecular Epidemiological Study
Erschienen in: PLoS Medicine 10 (2) , 2013
S. 1-12
Verlag: Public Library of Science
Verlagshinweis: Roetzer, A., Diel, R., Kohl, T.A., Rückert, C., Nübel, U., Blom, J., Wirth, T., Jaenicke, S., Schuback, S., Rüsch-Gerdes, S., Supply, P., Kalinowski, J., Niemann, S.
Whole Genome Sequencing versus Traditional Genotyping for Investigation of a Mycobacterium tuberculosis Outbreak: A Longitudinal Molecular Epidemiological Study
(2013) PLoS Medicine, 10 (2), art. no. e1001387.
Verlags-URL: http://www.plosmedicine.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pmed.1001387
DOI: 10.1371/journal.pmed.1001387
Veröffentlichung auf edoc: 26.03.2013
Status: published
Volltext: pdf (urn:nbn:de:0257-10029725)
Vorhaben/Arbeitsgruppe: Robert Koch-Institut, Infektionskrankheiten / Erreger
Metadatenexport: Um den gesamten Metadatensatz im Endnote- oder Bibtex-Format zu speichern, klicken Sie bitte auf den entsprechenden Link. Endnote   Bibtex  

Abstract (eng):
Background: Understanding Mycobacterium tuberculosis (Mtb) transmission is essential to guide efficient tuberculosis control strategies. Traditional strain typing lacks sufficient discriminatory power to resolve large outbreaks. Here, we tested the potential of using next generation genome sequencing for identification of outbreak-related transmission chains.
Methods and Findings: During long-term (1997 to 2010) prospective population-based molecular epidemiological surveillance comprising a total of 2,301 patients, we identified a large outbreak caused by an Mtb strain of the Haarlem lineage. The main performance outcome measure of whole genome sequencing (WGS) analyses was the degree of correlation of the WGS analyses with contact tracing data and the spatio-temporal distribution of the outbreak cases. WGS analyses of the 86 isolates revealed 85 single nucleotide polymorphisms (SNPs), subdividing the outbreak into seven genome clusters (two to 24 isolates each), plus 36 unique SNP profiles. WGS results showed that the first outbreak isolates detected in 1997 were falsely clustered by classical genotyping. In 1998, one clone (termed “Hamburg clone”) started expanding, apparently independently from differences in the social environment of early cases. Genome-based clustering patterns were in better accordance with contact tracing data and the geographical distribution of the cases than clustering patterns based on classical genotyping. A maximum of three SNPs were identified in eight confirmed human-to-human transmission chains, involving 31 patients. We estimated the Mtb genome evolutionary rate at 0.4 mutations per genome per year. This rate suggests that Mtb grows in its natural host with a doubling time of approximately 22 h (400 generations per year). Based on the genome variation discovered, emergence of the Hamburg clone was dated back to a period between 1993 and 1997, hence shortly before the discovery of the outbreak through epidemiological surveillance.
Conclusions: Our findings suggest that WGS is superior to conventional genotyping for Mtb pathogen tracing and investigating micro-epidemics. WGS provides a measure of Mtb genome evolution over time in its natural host context.
Nutzungsbedingungen
Für Dokumente, die in elektronischer Form auf diesem Dokumentenserver bereitgestellt werden, gilt uneingeschränkt das Urheberrechtsgesetz (UrhG). Vor allem gilt, dass die Dokumente zu wissenschaftlichen Zwecken und zum Eigengebrauch zitiert, kopiert, abgespeichert, ausgedruckt und weitergegeben werden dürfen (§53 UhrG), es sei denn, dem einzelnen Dokument sind abweichende und dann allein maßgebliche Nutzungsbedingungen vorangestellt. Jede kommerzielle Nutzung der Dokumente, auch von Teilen und Auszügen, ist ohne vorherige Zustimmung des Urhebers/Autors untersagt.
Terms of use
Documents which are provided on this repository are subject to strict copyright conditions. This applies in particular to the following: the documents made available on this publication server may be cited, copied, saved, printed and passed on for scientific purposes and private use (§53 German Copyright Law), unless the individual document is preceded by deviating and then exclusively applicable terms and conditions of use. Any commercial use of the documents, even in part and excerpts, is prohibited without the prior written consent of the creator.
Zugriffsstatistik: Die Daten für die Zugriffsstatistik der einzelnen Dokumente wurden aus den durch AWSTATS aggregierten Webserver-Logs erstellt. Sie beziehen sich auf den monatlichen Zugriff auf den Volltext sowie auf die Startseite.
 
Bei Formatversionen eines Dokuments, die aus mehreren Dateien bestehen (insbesondere HTML), wird jeweils der monatlich höchste Zugriffswert auf eine der Dateien (Kapitel) des Dokuments angezeigt.
 
Um die detaillierten Zugriffszahlen zu sehen, fahren Sie bitte mit dem Mauszeiger über die einzelnen Balken des Diagramms.
Startseite: 12 ZugriffePDF: 1 ZugriffeStartseite: 5 ZugriffePDF: 2 ZugriffeStartseite: 15 ZugriffePDF: 1 ZugriffeStartseite: 15 ZugriffePDF: 1 ZugriffeStartseite: 7 ZugriffePDF: 1 ZugriffeStartseite: 13 ZugriffePDF: 1 ZugriffeStartseite: 10 ZugriffePDF: 4 ZugriffeStartseite: 8 ZugriffePDF: 4 ZugriffeStartseite: 13 ZugriffePDF: 3 ZugriffeStartseite: 11 ZugriffePDF: 3 ZugriffeStartseite: 13 ZugriffePDF: 4 ZugriffeStartseite: 15 ZugriffePDF: 4 ZugriffeStartseite: 15 ZugriffePDF: 3 ZugriffeStartseite: 8 ZugriffePDF: 3 ZugriffeStartseite: 11 ZugriffePDF: 3 ZugriffeStartseite: 10 ZugriffePDF: 2 ZugriffeStartseite: 12 ZugriffePDF: 2 ZugriffeStartseite: 8 ZugriffePDF: 3 ZugriffeStartseite: 20 ZugriffePDF: 2 ZugriffeStartseite: 14 ZugriffePDF: 2 ZugriffeStartseite: 17 ZugriffePDF: 2 ZugriffeStartseite: 19 ZugriffePDF: 2 ZugriffeStartseite: 14 ZugriffePDF: 2 ZugriffeStartseite: 21 Zugriffe
Aug
15
Sep
15
Oct
15
Nov
15
Dec
15
Jan
16
Feb
16
Mar
16
Apr
16
May
16
Jun
16
Jul
16
Aug
16
Sep
16
Oct
16
Nov
16
Dec
16
Jan
17
Feb
17
Mar
17
Apr
17
May
17
Jun
17
Jul
17

Gesamtzahl der Zugriffe seit Aug/2015:

  • Startseite – 306 (12.75 pro Monat)
  • PDF – 55 (2.29 pro Monat)
  •  

Bitte beziehen Sie sich beim Zitieren dieses Dokumentes immer auf die oben unter "Volltext" genannte URN.
Generiert am 16.08.2017, 08:18:21