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Veröffentlichter Artikel oder Aufsatz

Publikationsart: Veröffentlichter Artikel oder Aufsatz
Autor(en): Claudia Kohl; Annika Brinkmann; Piotr Wojtek Dabrowski; Aleksandar Radonić; Andreas Nitsche; Andreas Kurth
Titel: Protocol for Metagenomic Virus Detection in Clinical Specimens
Erschienen in: Emerging Infectious Diseases 21 (1) , 2015
S. 48-57
Verlag: Centers for Disease Control and Prevention
Verlags-URL: http://wwwnc.cdc.gov/eid/article/21/1/14-0766_article
DOI: 10.3201/eid2101.140766
Veröffentlichung auf edoc: 05.01.2015
Status: published
Volltext: pdf (urn:nbn:de:0257-10038257)
Schlagwörter (eng): Viral, Animals, Humans, Real-Time Polymerase Chain Reaction, DNA Viral/genetics, High-Throughput Nucleotide Sequencing, Molecular Diagnostic Techniques, Callithrix, Chick Embryo, DNA Viral/isolation & purification, Genes, Metagenome, Signal-To-Noise Ratio, Virus Diseases/diagnosis, Zoonoses
Vorhaben/Arbeitsgruppe: Robert Koch-Institut, Biologische Sicherheit
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Abstract (eng):
Sixty percent of emerging viruses have a zoonotic origin, making transmission from animals a major threat to public health. Prompt identification and analysis of these pathogens are indispensable to taking action toward prevention and protection of the affected population. We quantifiably compared classical and modern approaches of virus purification and enrichment in theory and experiments. Eventually, we established an unbiased protocol for detection of known and novel emerging viruses from organ tissues (tissue-based universal virus detection for viral metagenomics [TUViD-VM]). The final TUViD-VM protocol was extensively validated by using real-time PCR and next-generation sequencing. We could increase the amount of detectable virus nucleic acids and improved the detection of viruses <75,000-fold compared with other tested approaches. This TUViD-VM protocol can be used in metagenomic and virome studies to increase the likelihood of detecting viruses from any biological source.
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Generiert am 27.03.2017, 10:30:00