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Veröffentlichter Artikel oder Aufsatz

Publikationsart: Veröffentlichter Artikel oder Aufsatz
Autor(en): Franziska Zickmann; Bernhard Y. Renard
Titel: IPred - integrating ab initio and evidence based gene predictions to improve prediction accuracy
Erschienen in: BMC Genomics 16 (134) , 2015
S. 1-8
Verlag: BioMedCentral
Verlags-URL: http://www.biomedcentral.com/1471-2164/16/134
DOI: 10.1186/s12864-015-1315-9
Veröffentlichung auf edoc: 04.03.2015
Status: published
Volltext: pdf (urn:nbn:de:0257-10038908)
Schlagwörter (eng): Gene prediction, Gene finder combination, Genome annotation, RNA-Seq integration
Vorhaben/Arbeitsgruppe: Robert Koch-Institut
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Abstract (eng):
Background: Gene prediction is a challenging but crucial part in most genome analysis pipelines. Various methods have evolved that predict genes ab initio on reference sequences or evidence based with the help of additional information, such as RNA-Seq reads or EST libraries. However, none of these strategies is bias-free and one method alone does not necessarily provide a complete set of accurate predictions.
Results: We present IPred (Integrative gene Prediction), a method to integrate ab initio and evidence based gene identifications to complement the advantages of different prediction strategies. IPred builds on the output of gene finders and generates a new combined set of gene identifications, representing the integrated evidence of the single method predictions.
Conclusion: We evaluate IPred in simulations and real data experiments on Escherichia Coli and human data. We show that IPred improves the prediction accuracy in comparison to single method predictions and to existing methods for prediction combination.
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Generiert am 17.10.2017, 05:07:33