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Veröffentlichter Artikel oder Aufsatz

Publikationsart: Veröffentlichter Artikel oder Aufsatz
Autor(en): Simon H. Tausch; Bernhard Y. Renard; Andreas Nitsche; Piotr Wojciech Dabrowski
Titel: RAMBO-K: Rapid and Sensitive Removal of Background Sequences from Next Generation Sequencing Data
Erschienen in: PLoS ONE 10 (9) , 2015
S. 1-6
Verlag: Public Library of Science
Verlags-URL: http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0137896
DOI: 10.1371/journal.pone.0137896
Veröffentlichung auf edoc: 24.09.2015
Status: published
Volltext: pdf (urn:nbn:de:0257-10041020)
Schlagwörter (eng): Algorithms, Software, Sequence Analysis DNA/methods, Genomics/methods, Datasets as Topic, Genome/genetics, High-Throughput Nucleotide Sequencing/methods, Programming Languages
Vorhaben/Arbeitsgruppe: Robert Koch-Institut
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Abstract (eng):
Background: The assembly of viral or endosymbiont genomes from Next Generation Sequencing (NGS) data is often hampered by the predominant abundance of reads originating from the host organism. These reads increase the memory and CPU time usage of the assembler and can lead to misassemblies.
Results: We developed RAMBO-K (Read Assignment Method Based On K-mers), a tool which allows rapid and sensitive removal of unwanted host sequences from NGS datasets. Reaching a speed of 10 Megabases/s on 4 CPU cores and a standard hard drive, RAMBO-K is faster than any tool we tested, while showing a consistently high sensitivity and specificity across different datasets.
Conclusions: RAMBO-K rapidly and reliably separates reads from different species without data preprocessing. It is suitable as a straightforward standard solution for workflows dealing with mixed datasets. Binaries and source code (java and python) are available from http://sourceforge.net/projects/rambok/.
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Generiert am 23.11.2017, 08:45:38