edoc-Server des Robert Koch-Instituts

Veröffentlichter Artikel oder Aufsatz

Publikationsart: Veröffentlichter Artikel oder Aufsatz
Autor(en): Andrea Hauser; Claudia Kücherer; Andrea Kunz; Piotr Wojtek Dabrowski; Aleksandar Radonić; Andreas Nitsche; Stefanie Theuring; Norbert Bannert; Julius Sewangi; Paulina Mbezi; Festo Dugange; Gundel Harms; Karolin Meixenberger
Titel: Comparison of 454 Ultra-Deep Sequencing and Allele-Specific Real-Time PCR with Regard to the Detection of Emerging Drug-Resistant Minor HIV-1 Variants after Antiretroviral Prophylaxis for Vertical Transmission
Erschienen in: PLoS ONE 10 (10) , 2015
S. 1-16
Verlag: Public Library of Science
Verlagshinweis: Hauser A, Kuecherer C, Kunz A, Dabrowski PW, Radonić A, Nitsche A, et al. (2015)
Comparison of 454 Ultra-Deep Sequencing and Allele-Specific Real-Time PCR with Regard to the Detection of Emerging Drug-Resistant Minor HIV-1 Variants after Antiretroviral Prophylaxis for Vertical Transmission. PLoS ONE 10(10): e0140809.
Verlags-URL: http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0140809
DOI: 10.1371/journal.pone.0140809
Veröffentlichung auf edoc: 09.12.2015
Status: published
Volltext: pdf (urn:nbn:de:0257-10042087)
Schlagwörter (eng): Humans, Female, Anti-HIV Agents/therapeutic use, HIV Infections/virology, HIV-1/genetics, Mutation, HIV Infections/drug therapy, Alleles, Treatment Failure, HIV Infections/diagnosis, Drug Resistance Viral/genetics, Pregnancy, Pregnancy Complications Infectious/drug therapy, Pregnancy Complications Infectious/virology, High-Throughput Nucleotide Sequencing/methods, Real-Time Polymerase Chain Reaction/methods, Infectious Disease Transmission, Vertical/prevention & control, Post-Exposure Prophylaxis/methods, Pregnancy Complications Infectious/classification, Pregnancy Complications Infectious/diagnosis, Prognosis, Tanzania
Vorhaben/Arbeitsgruppe: Robert Koch-Institut, Infektionskrankheiten / Erreger
Metadatenexport: Um den gesamten Metadatensatz im Endnote- oder Bibtex-Format zu speichern, klicken Sie bitte auf den entsprechenden Link. Endnote   Bibtex  

Abstract (eng):
Background: Pregnant HIV-infected women were screened for the development of HIV-1 drug resistance after implementation of a triple-antiretroviral transmission prophylaxis as recommended by the WHO in 2006. The study offered the opportunity to compare amplicon-based 454 ultra-deep sequencing (UDS) and allele-specific real-time PCR (ASPCR) for the detection of drug-resistant minor variants in the HIV-1 reverse transcriptase (RT).
Methods: Plasma samples from 34 Tanzanian women were previously analysed by ASPCR for key resistance mutations in the viral RT selected by AZT, 3TC, and NVP (K70R, K103N, Y181C, M184V, T215Y/F). In this study, the RT region of the same samples was investigated by amplicon-based UDS for resistance mutations using the 454 GS FLX System.
Results: Drug-resistant HIV-variants were identified in 69% (20/29) of women by UDS and in 45% (13/29) by ASPCR. The absolute number of resistance mutations identified by UDS was twice that identified by ASPCR (45 vs 24). By UDS 14 of 24 ASPCR-detected resistance mutations were identified at the same position. The overall concordance between UDS and ASPCR was 61.0% (25/41). The proportions of variants quantified by UDS were approximately 2–3 times lower than by ASPCR. Amplicon generation from samples with viral loads below 20,000 copies/ml failed more frequently by UDS compared to ASPCR (limit of detection = 650 copies/ml), resulting in missing or insufficient sequence coverage.
Conclusions: Both methods can provide useful information about drug-resistant minor HIV-1 variants. ASPCR has a higher sensitivity than UDS, but is restricted to single resistance mutations.
In contrast, UDS is limited by its requirement for high viral loads to achieve sufficient sequence coverage, but the sequence information reveals the complete resistance patterns within the genomic region analysed. Improvements to the UDS limit of detection are in progress, and UDS could then facilitate monitoring of drug-resistant minor variants in the HIV-1 quasispecies.
Nutzungsbedingungen
Für Dokumente, die in elektronischer Form auf diesem Dokumentenserver bereitgestellt werden, gilt uneingeschränkt das Urheberrechtsgesetz (UrhG). Vor allem gilt, dass die Dokumente zu wissenschaftlichen Zwecken und zum Eigengebrauch zitiert, kopiert, abgespeichert, ausgedruckt und weitergegeben werden dürfen (§53 UhrG), es sei denn, dem einzelnen Dokument sind abweichende und dann allein maßgebliche Nutzungsbedingungen vorangestellt. Jede kommerzielle Nutzung der Dokumente, auch von Teilen und Auszügen, ist ohne vorherige Zustimmung des Urhebers/Autors untersagt.
Terms of use
Documents which are provided on this repository are subject to strict copyright conditions. This applies in particular to the following: the documents made available on this publication server may be cited, copied, saved, printed and passed on for scientific purposes and private use (§53 German Copyright Law), unless the individual document is preceded by deviating and then exclusively applicable terms and conditions of use. Any commercial use of the documents, even in part and excerpts, is prohibited without the prior written consent of the creator.
Zugriffsstatistik: Die Daten für die Zugriffsstatistik der einzelnen Dokumente wurden aus den durch AWSTATS aggregierten Webserver-Logs erstellt. Sie beziehen sich auf den monatlichen Zugriff auf den Volltext sowie auf die Startseite.
 
Bei Formatversionen eines Dokuments, die aus mehreren Dateien bestehen (insbesondere HTML), wird jeweils der monatlich höchste Zugriffswert auf eine der Dateien (Kapitel) des Dokuments angezeigt.
 
Um die detaillierten Zugriffszahlen zu sehen, fahren Sie bitte mit dem Mauszeiger über die einzelnen Balken des Diagramms.
Startseite: 14 ZugriffePDF: 22 ZugriffeStartseite: 4 ZugriffePDF: 16 ZugriffeStartseite: 4 ZugriffePDF: 41 ZugriffeStartseite: 1 ZugriffePDF: 19 ZugriffeStartseite: 2 ZugriffePDF: 16 ZugriffeStartseite: 2 ZugriffePDF: 20 ZugriffeStartseite: 2 ZugriffePDF: 16 ZugriffePDF: 13 ZugriffeStartseite: 4 ZugriffePDF: 10 ZugriffeStartseite: 1 ZugriffePDF: 11 ZugriffeStartseite: 5 ZugriffePDF: 16 ZugriffeStartseite: 6 ZugriffePDF: 15 ZugriffeStartseite: 7 ZugriffePDF: 18 ZugriffeStartseite: 1 ZugriffePDF: 19 ZugriffeStartseite: 4 ZugriffePDF: 12 ZugriffeStartseite: 5 ZugriffePDF: 13 Zugriffe
Dec
15
Jan
16
Feb
16
Mar
16
Apr
16
May
16
Jun
16
Jul
16
Aug
16
Sep
16
Oct
16
Nov
16
Dec
16
Jan
17
Feb
17
Mar
17

Gesamtzahl der Zugriffe seit Dec/2015:

  • Startseite – 62 (3.88 pro Monat)
  • PDF – 277 (17.31 pro Monat)
  •  

Bitte beziehen Sie sich beim Zitieren dieses Dokumentes immer auf die oben unter "Volltext" genannte URN.
Generiert am 28.04.2017, 03:49:13