http://edoc.rki.de/176904/48 2026-04-15T00:07:53Z http://edoc.rki.de/176904/6493 Prävalenz und Charakterisierung von HCV in HIV-Neudiagnosen vor Einführung der HCV-spezifischen antiviralen Medikamente im Jahr 2011 Riege, Johanna Das Hepatitis-C-Virus (HCV) gehört zu den durch Blut übertragenen Erregern mit der höchsten Bedeutung für die öffentliche Gesundheit. Aufgrund ähnlicher Transmissionswege werden HIV/HCV-Koinfektionen häufig beobachtet, insbesondere bei intravenösen Drogengebrauchern (IVD) und Männern, die Sex mit Männern, haben (MSM). Mit der Zulassung hocheffektiver, nebenwirkungsarmer antiviraler HCV-Medikamente (engl.: direct acting antivirals (DAA)) im Jahr 2011 wurde die Voraussetzung für die Eliminierung von HCV-Infektionen in der Zukunft geschaffen. Ziel dieser Bachelorarbeit ist es einen Überblick über den Anteil von HCV-Infektionen in HIV-Neudiagnosen vor Einführung der Hepatitis-C-DAA-Therapie im Jahr 2011 in Deutschland zu gewinnen. Die Ergebnisse dieser Studie sollen als Basis für nachfolgende Studien zur Beurteilung des potentiellen Einflusses der DAA-Therapie auf den Anteil und die Art der HCV-Infektionen in HIV-Neudiagnosen in Deutschland dienen. Dazu wurden filtergetrocknete Serumproben/Plasmaproben (DSS/DPS) von 1511 HIV-Neuinfizierten, mit HIV-Erstdiagnose zwischen Oktober 2009 und Juni 2011, auf HCV untersucht. Die Proben wurden zunächst mittels Enzymimmunoassay (ELISA) serologisch auf HCV untersucht. Aus den DSS/DPS ELISA-reaktiver Proben wurden die Nukleinsäuren extrahiert und anschließend mithilfe einer quantitativen PCR (qPCR) auf das Vorhandensein von HCV-RNA untersucht. Proben mit einem positiven Nachweis von HCV-RNA wurden mittels nested-PCR und anschließender Sanger-Sequenzierung weiter analysiert, um den HCV-Geno-und Subtyp zu bestimmen. Die Charakterisierung der identifizierten HCV-Infektionen erfolgte auf Basis der demografischen Verteilung im untersuchten Studienpanel, bezüglich Geschlecht, Alter, Herkunft und der Transmissionsgruppe. In den 1511 untersuchten DSS/DPS von HIV-Neuinfizierten in Deutschland wurde ein Anteil von 5,4% als HCV-seropositiv identifiziert. Darunter befanden sich 4,1% mit aktiver HCV-Infektion und 1,3% mit ausgeheilter HCV-Infektion. Die Untersuchung der HCV-RNA-positiven Proben zeigte, dass hauptsächlich Genotyp 1-Infektionen (57,5%) mit Subtyp 1a (38,3%), gefolgt vom Genotyp 3 (29,8%) mit ausschließlich Subtyp 3a, vorlagen. Das untersuchte Studienpanel bestand hauptsächlich aus Männern (85,1%), dennoch wurde vergleichsweise ein höherer Anteil an Frauen HCV-seropositiv getestet (4,6% vs. 10,0%). Innerhalb der verschiedenen Altersgruppen konnte der höchste Anteil an HCV-Seropositiven in der Altersgruppe der 25- bis 29-Jährigen (7,8%) identifiziert werden. In Personen nicht-deutscher Herkunft wurde ein höherer Anteil HCV-seropositiv getestet, als in Personen deutscher Herkunft (8,0% vs. 4,4%). Die Mehrheit kam dabei aus Osteuropa (59,3%) und gab IVD als wahrscheinliche Transmissionsgruppe (50,0%) an. In IVDs, unabhängig davon welcher Herkunft, wurde mit 75,5% ein sehr hoher Anteil HCV-seropositiv getestet. Diese Gruppe wies im Vergleich zu den anderen Transmissionsgruppen ein 98,8-fach höheres Risiko einer HCV-Infektion auf. In MSM wurde nur ein geringer Anteil von 2,0% HCV-seropositiv getestet.; The hepatitis c virus (HCV) is a blood-borne human pathogen and a major public health problem. Due to similar transmission routes, HIV/HCV coinfections often occur together, especially among high risk groups like intravenous drug users (IVD) and men who have sex with men (MSM). The approval of highly effective, low-side-effect direct acting antivirals (DAA) in 2011 created a precondition for the elimination of HCV infections in the future. The aim of this bachelor thesis is to get an overview of HCV infections in individuals newly diagnosed with HIV before the introduction of the new HCV direct acting antivirals in Germany in 2011. The results of this study should serve as a basis for futher analysis to assess the potential impact of DAA therapy on the proportion and characteristics of HCV infections in new HIV diagnoses in Germany. Therefore filter-dried serum/plasma spots (DSS/DPS) of 1511 newly HIV infected individuals, who were diagnosed with HIV between October 2009 and June 2011, were screened for Hepatitis C. The samples were first serologically analysed of HCV by an enzyme immunoassay (ELISA). Nucleic acids were then extracted from the ELISA reactive samples and further analysed for the presence of HCV RNA using quantitative PCR (qPCR). Samples with positive detection of HCV RNA were further analysed by nested-PCR, followed by Sanger-Sequencing to identify the HCV geno- and subtype. The characterisation of identified HCV infections was based on the demographic distribution of the study cohort in terms of gender, age, origin and transmission group. In the 1511 analysed samples a proportion of 5.4% was identified as HCV seropostive. Among the 5.4% HCV seropositive individuals 4.1% had an active HCV infection whilst 1.3% had a resolved HCV infection. The analysis of HCV RNA positive samples for HCV genotyping showed that 57.5% had a genotype 1 infection with mainly subtype 1a (38.3%), followed by genotype 3 (29.8%) with only subtype 3a. The study cohort mainly consisted of men (85.1%) but a comparatively higher proportion of women was tested HCV seropositive (4.6% vs. 10.0%). Within the different age groups, the highest proportion of HCV seropositive individuals was identified in the age group between 25 and 29 years (7.8%). Based on the origin, a higher proportion of individuals with non-German origin was tested HCV seropositive, compared to persons with German origin (8.0% vs. 4.4%). The majority of non-Germans came from Eastern Europe (59.3%) and specified IVD as the most likely transmission group (50.0%). In IVDs, independent of their origin, a very high proportion of HCV seropositive individuals was identified (75.5%). This risk group had a 98.8%-fold higher chance of getting infected with HCV compared to the other transmission groups. In MSM, only 2.0% were tested HCV seropositive. 2020-02-25T00:00:00Z http://edoc.rki.de/176904/5921 Funktionelle Analyse der putativen Rezeptorbindungsregion des Hüllproteins von HERV-K(HML-2) Priesnitz, Maria 2019-01-28T00:00:00Z http://edoc.rki.de/176904/5920 Untersuchungen zur Rolle der RNA-Transportproteine Rec von HERV-K und REV von HIV-1 bei der Virusassemblierung Liedgens, Linda Diese Arbeit beschäftigt sich mit den RNA-Transportproteinen Rec des humanen endogenen Retrovirus K (HERV-K) und Rev des humanen Immundefizienz-Virus 1 (HIV-1) und ihrer Rolle während des nukleozytoplasmatischen RNA-Transports und der Virusassemblierung. Um ihrer Rolle als RNA-Transportproteine gerecht zu werden, müssen HERV-K Rec und HIV-1 Rev mit einer Vielzahl von Wirtsproteinen interagieren. Es wurde vor allem das Zusammenspiel mit möglichen Interaktionspartnern wie dem RNA-Transportprotein Staufen-1 oder dem antiviralen hochmolekularen APOBEC3G (apolipoprotein B mRNA-editing enzyme catalytic polypeptide 1-like) untersucht. Co-Immunpräzipitationsversuche konnten eine bereits gezeigte Interaktion zwischen HERV-K Rec und Staufen-1 auch für das HIV-1 Rev nachweisen. Die spezifische Interaktion, die hierbei zwischen Staufen-1 und HIV-1 Rev nachgewiesen wurde, konnte durch Immunfluoreszenzversuche bestätigt werden. Es soll untersucht werden, ob die Interaktion von Staufen-1 und den RNA-Transportproteinen Rec und Rev möglicherweise einen antiviralen Kontrollmechanismus der Wirtszelle darstellt, indem HIV-1 Rev und HERV-K Rec über die Interaktion mit dem Staufen-1 in Stressgranula und antivirale HMM APOBEC3G-Komplexe rekrutiert und dort regulatorischen Mechanismen unterworfen werden. Die räumliche Nähe von HERV-K Rec zu A3G konnte bereits gezeigt werden. Allerdings konnte dies für das HIV-Rev bei Versuchen im Rahmen dieser Bachelorarbeit nicht bestätigt werden. Ebenso konnte keine Colokalisation mit TIA-1, einem Stressgranula-Markerprotein gezeigt werden. Weiteres Ziel dieser Arbeit ist die Aufreinigung von Staufen-1- und HERV-K Rec-Protein. Dies soll die Vorarbeit für eine entsprechende Antikörpergenerierung darstellen und konnte für das Staufen-1 erfolgreich realisiert werden. Eine Aufreinigung des HERV-K Rec war trotz Versuchsoptimierung aufgrund der Bildung sogenannter „Inclusion Bodies“ nicht möglich. 2019-01-28T00:00:00Z http://edoc.rki.de/176904/5919 Etablierung einer subtypgenerischen HIV-1 envelope PCR zur Bestimmung des Korezeptor-Tropismus aus Plasma und dried fluid spots Ruffert, Jennifer Die Entwicklung antiretroviraler Medikamente förderte in den letzten Jahren sowohl die Prävention von HIV als auch die Verbesserung des Krankheitsbildes infizierter Patienten. Im Angesicht, der sich entwickelnden Resistenzen gegenüber antiretroviraler Medikamente, ist es notwendig die Forschung diesbezüglich zu vertiefen. Das Wissen über die Expression und Regulation der Korezeptoren ist von großer Bedeutung für das Verstehen der HIV Pathogenität. Das Ziel dieser Arbeit war es ein einfaches und robustes polymerase Kettenreaktion Setup (polymerase chain reaction, PCR) zu etablieren, um von HIV-positivem Plasma als auch von getrockneten Serum Proben der Serokonverterstudie bzw. der Molekularen Surveillance den HIV Korezeptorgebrauch zu bestimmen. Dazu wurde im Rahmen dieser Arbeit eine subtypgenerische full-length envelope PCR etabliert. Diese ist in der Lage, den gesamten env open reading frame zu amplifizieren, sodass die viralen Glykoproteine gp120 und gp41 aus humanem Plasma sequenziert werden können. Die Arbeit umfasst weiterhin die Etablierung einer hochsensitiven PCR zur Amplifikation des gp120 V3-loops und dessen Sequenzierung durch Next Generation Sequencing (NGS, Illumina). Die Erforschung des Korezeptor-Tropismus erfolgte auf Grundlage des V3-loops und ermöglichte es, den Korezeptorgebrauch der Infektionsdauer gegenüberzustellen. In dieser Arbeit konnten erfolgreich zwei PCR-Setups etabliert werden, um diese Fragenstellung, besonders im Zuge der Umstellung auf NGS basierte Verfahren, zu ermöglichen. Für filtergetrocknetes Material konnte eine sehr gute Nachweisgrenze von 102 Kop./mL für das 500 Bp Amplikon und für das 3200 Bp Amplikon der Plasmaproben eine ausreichend gute Nachweisgrenze von 103 Kop./mL erreicht werden. Die Sequenzierung des full-length env mittels NGS war erfolgreich und eine Ableitung des Korezeptorgebrauchs war bis zu einem Minoritätengrenzwert von bis zu 3 % möglich. Das etablierte PCR-Setup wird einen wichtigen Beitrag leisten, um den Anteil übertragener X4-Troper Viren zu berechnen. Die Nutzung von Maraviroc als Korezeptorantagonist zur Behandlung von HIV-1 Infektionen unterstreicht die Wichtigkeit eines aufmerksamen klinischen Monitorings der virologischen Antwort eines unter Therapie stehenden Patienten.; Over the last years, the development of antiretroviral Medication supported the prevention of HIV and improved the living conditions of infected patients. Due to evolving antiretroviral resistances, it is necessary to expand the concerning research. The knowledge about expression and regulation of coreceptors is of major value for understanding the HIV pathogenicity. The aim of this work was to establish a simple and robust polymerase chain reaction (PCR) setup to determine the HIV coreceptor use of both the HIV positive plasma and dried serum spots found in the samples of the seroconverter study and molecular surveillance, respectively. This was done by establishing a subtype generic full-length envelope PCR that is capable to amplify the entire env open reading frame to sequence the viral glycoproteins gp120 and gp41 from human plasma. Furthermore, this work includes an establishment of a high sensitive PCR to amplify the gp120 V3-loop and furthermore sequencing this fragment with next generation sequencing (NGS, Illumina). The exploration of coreceptor tropism was based on the V3-loop fragment and enabled the comparison of coreceptor use to the duration of infection. For this research question, especially for the transition to NGS based methods, two PCR setups were successfully established. A very good detection limit of 102 cop./mL was achieved for filter dried material with 500 bp amplicon and a sufficiently well detection limit of 103 cop./mL for plasma samples with a 3200 bp amplicon for subtype B reference strain. The NGS sequencing of the full-length env was successful and a derivation of the coreceptor usage was possible up to a minority limit of 3 %. However, the established PCR setup will play an important role for the proportion calculation of transferred X4-tropic viruses. The use of maraviroc as coreceptor-antagonist for treatment of HIV-1 infections emphasises the importance of an attentive clinical monitoring of the virological answer of patients under treatment. 2019-01-28T00:00:00Z