Logo des Robert Koch-InstitutLogo des Robert Koch-Institut
Publikationsserver des Robert Koch-Institutsedoc
de|en
Publikation anzeigen 
  • edoc Startseite
  • Artikel in Fachzeitschriften
  • Artikel in Fachzeitschriften
  • Publikation anzeigen
  • edoc Startseite
  • Artikel in Fachzeitschriften
  • Artikel in Fachzeitschriften
  • Publikation anzeigen
JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.
Gesamter edoc-ServerBereiche & SammlungenTitelAutorSchlagwortDiese SammlungTitelAutorSchlagwort
PublizierenEinloggenRegistrierenHilfe
StatistikNutzungsstatistik
Gesamter edoc-ServerBereiche & SammlungenTitelAutorSchlagwortDiese SammlungTitelAutorSchlagwort
PublizierenEinloggenRegistrierenHilfe
StatistikNutzungsstatistik
Publikation anzeigen 
  • edoc Startseite
  • Artikel in Fachzeitschriften
  • Artikel in Fachzeitschriften
  • Publikation anzeigen
  • edoc Startseite
  • Artikel in Fachzeitschriften
  • Artikel in Fachzeitschriften
  • Publikation anzeigen
2016-09-12Zeitschriftenartikel DOI: 10.1371/journal.pgen.1006280
Combined Analysis of Variation in Core, Accessory and Regulatory Genome Regions Provides a Super-Resolution View into the Evolution of Bacterial Populations
McNally, Alan
Oren, Yaara
Kelly, Darren
Pascoe, Ben
Dunn, Steven
Sreecharan, Tristan
Vehkala, Minna
Välimäki, Niko
Prentice, Michael B.
Ashour, Amgad
Avram, Oren
Pupko, Tal
Dobrindt, Ulrich
Literak, Ivan
Guenther, Sebastian
Schaufler, Katharina
Wieler, Lothar H.
Zhiyong, Zong
Sheppard, Samuel K.
McInerney, James O.
Corander, Jukka
The use of whole-genome phylogenetic analysis has revolutionized our understanding of the evolution and spread of many important bacterial pathogens due to the high resolution view it provides. However, the majority of such analyses do not consider the potential role of accessory genes when inferring evolutionary trajectories. Moreover, the recently discovered importance of the switching of gene regulatory elements suggests that an exhaustive analysis, combining information from core and accessory genes with regulatory elements could provide unparalleled detail of the evolution of a bacterial population. Here we demonstrate this principle by applying it to a worldwide multi-host sample of the important pathogenic E. coli lineage ST131. Our approach reveals the existence of multiple circulating subtypes of the major drug–resistant clade of ST131 and provides the first ever population level evidence of core genome substitutions in gene regulatory regions associated with the acquisition and maintenance of different accessory genome elements.
Dateien zu dieser Publikation
Thumbnail
25DM7jAo9DFg2.pdf — PDF — 6.389 Mb
MD5: d9461c7ce6144c223bbb66e2b45cc564
Zitieren
BibTeX
EndNote
RIS
Keine Lizenzangabe
Zur Langanzeige
Nutzungsbedingungen Impressum Leitlinien Datenschutzerklärung Kontakt

Das Robert Koch-Institut ist ein Bundesinstitut im

Geschäftsbereich des Bundesministeriums für Gesundheit

© Robert Koch Institut

Alle Rechte vorbehalten, soweit nicht ausdrücklich anders vermerkt.

 
DOI
10.1371/journal.pgen.1006280
Permanent URL
https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1006280
HTML
<a href="https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1006280">https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1006280</a>